Tokio se encuentra en un estado post apocalíptico. La respuesta para detener a Akira puede estar en manos de la misteriosa Lady Miyako, miembro poderoso de la fraternidad psíquica. Mientras tanto, Tetsuo comienza a tener dudas, se entera de los secretos tras el proyecto que creó a Akira y comienza a tomar cartas en el asunto.